Favorit, Volkswagen, SUV
V roku 1987 došlo v Mladej Boleslavi k zmene koncepcie automobilov. Brány továrne opustil úplne nový model Favorit, ktorý ukončil éru vozidiel s motorom umiestneným vzadu. Jeho karosériu navrhol taliansky dizajnér Nuccio Bertone. Po páde komunistického režimu v roku 1989 sa pre Škodu hľadal silný partner, a tak v roku 1991 prebehla ďalšia významná fúzia – Škoda sa stala popri VW, Audi a Seate štvrtou automobilkou koncernu Volkswagen.
Prvým spoločne vyvinutým vozidlom sa stal model Felicia. V roku 1996 sa oslavovala výroba miliónteho vozidla Škoda po spojení s VW a predstavil sa model Octavia, dnes najpredávanejšie vozidlo značky. Len prvej generácie (1996 – 2010) sa predalo vyše 1,4 milióna kusov. V tom čase sa však Octavia iba nadychovala, dodnes bolo v modelovom rade vyrobených už 7,7 milióna vozidiel.
Škoda Octavia sa vyrába od 3. septembra 1996
Podobným maratóncom je aj Škoda Fabia. Tá sa predstavila v roku 1999 ako nástupca modelu Felicia a už 11 mesiacov na to sa na linke montoval kus s číslom 100 000. Milión dosiahla v roku 2004 a tento rok, keď je Fabia už vo svojej štvrtej generácii, zišlo z linky celkovo päťmiliónte vozidlo modelového radu.
V roku 2009 vstúpila Škoda s vozidlom Yeti do kategórie SUV, o deväť rokov neskôr oslávila v tejto kategórii prvý milión, v roku 2025 už bolo SUV so značkou Škoda štyri milióny. Rok 2012 priniesol ďalší míľnik: 14 miliónov vozidiel, z toho 9 miliónov po spojení s VW. Na začiatku roku 2025 už výroba predstavovala viac než 27 miliónov vozidiel.
Po predvoji v podobe modelu Citigoe iV vstúpila Škoda v roku 2020 s modelom Enyaq do súčasnej éry moderných elektromobilov na platforme MEB. Modelu sa v oboch karosárskych verziách (SUV a Coupé) vyrobilo už viac než 340 000 kusov.
Škoda Enyaq sa vyrába v hlavnom výrobnom závode Škoda Auto v Mladej Boleslavi