Favorit, Volkswagen, SUV
Godine 1987. Škoda počinje novu eru proizvodnjom modela Favorit, tako da automobili sa motorem u zadnjem delu odlaze u zaborav. Za dizajn je zaslužan italijanski stilista Nucio Bertone. Nakon pada komunističkog režima 1989. godine, Škoda je tražila jačeg strateškog partnera. Godine 1991. nakon novog partnerstva, Škoda je postala četvrti proizvođač automobila u okviru Volswagen grupacije, pored VW, Audi i SEAT.
Prvi model nakon udruživanja je bila Felicia. Godine 1996. Škoda je proslavila proizvodnju milionitog automobila od pridruživanja VW i predstavila Octaviu, danas najprodavaniji model brenda. Prodato je više od 1.4 miliona jedinica prve generacije modela u periodu od 1996. do 2010. godine. U tom periodu tek se počinjalo sa proizvodnjom modela Octavia, ipak ovaj model je danas dostigao cifru od 7.7 miliona proizvedenih jedinica.
Škoda Octavia se proizvodi od 3. septembra 1996. godine.
Još jedan model u nizu sa dugogodišnjom tradicijom je Škoda Fabia. Predstavljena 1999. godine kao naslednik Felicie, dostigla je 100,000 proizvedenih jedinica nakon jedanaest meseci. Godine 2004. proizveden je milioniti primerak ovog modela, a ove godine sa četvrtom generacijom proizvodnja je dostigla petomilioniti automobil koji je sišao sa proizvodne linije.
Godine 2009. proizvodnjom Yeti modela, Škoda je počela proizvodnju SUV kategorije automobila. Devet godina kasnije proizvodnja je proslavila milioniti SUV model; do 2025. godine ukupan broj Škoda SUV primeraka je dostgao četiri miliona. Godina 2012. predstavlja još jednu prekretnicu: proizvedeno je 14 miliona automobila, od kojih je devet miliona proizvedeno nakon spajanja sa Volkswagen Grupacijom. Početkom 2025. godine proizvodnja je premašila broj od 27 miliona proizvedenih automobila.
Nakon modela CITIGOe iV, Škoda je započela eru modernih električnih automobila na MEB platformi, proizvodnjom Enyaq 2020. godine. Više od 340,000 jedinica je proizvedeno u obe verzije, SUV i Coupé. Novi model Elroq, sa dosada prodatih 100,000 jedinica, pridružio se ove godine portfoliu električnih modela. Sledeće godine, električni portfolio će dobiti pojačanje od još dva modela..
Škoda Enyaq se proizvodi u glavnoj proizvodnoj fabrici Škoda Auta u Mladoj Boleslav.