Po zakladateľoch značky dostávajú v Mladej Boleslavi meno len tie najexkluzívnejšie vozidlá s prémiovou výbavou. Vozidlá Octavia a Octavia Combi s výbavou Laurin & Klement boli predstavené na prelome septembra a októbra 1998 na parížskom autosalóne, teda tri roky po začatí výroby. Vyšperkovaný vrchol ponuky sa mohol pochváliť luxusným koženým čalúnením interiéru, drevenými dekormi alebo 16-palcovými kolesami so siedmimi lúčmi.
Z výbavy Laurin & Klement neskôr vychádzala aj jedna z najvzácnejších podôb modelu Octavia – variant Long. Vozidlo malo rázvor dlhší o 80 mm, čo si okrem iného vyžiadalo predĺžené brzdové potrubie alebo úplne novú strechu. Octavia Long nebola určená do autosalónov, ale do vládnych služieb a vozila aj niekoľko podnikateľov. Celkovo vzniklo len 19 kusov, neskôr ju nahradil prvý novodobý Superb.
Spojenie s koncernom Volkswagen prinieslo do Mladej Boleslavi nové technologické možnosti. Jednou z nich bol aj pohon všetkých kolies so spojkou Haldex, ktorá v prípade preklzu predných kolies elektronicky pripájala kolesá zadnej nápravy. Ako prvý ho získal práve model Octavia, ktorý sa tak stal prvým osobným vozidlom Škoda v novodobej histórii s pohonom všetkých kolies.
Jedným z variantov, ktoré sa objavujú vo všetkých generáciách, je športové RS. V prvej podobe sa mohlo pochváliť pružným dvadsaťventilovým motorom s objemom 1,8 litra prepĺňaným turbodúchadlom, ktorý ponúkal krásnych 180 koní. Pri príležitosti 100 rokov značky potom vznikla limitovaná edícia RS WRC Edition, ktorá sa pýšila 17-palcovými kolesami a bočnými polepmi s rely tematikou. Vzniklo len 100 kusov, z toho 37 s pravostranným riadením.