Favorit, Volkswagen, SUV
V roce 1987 došlo v Mladé Boleslavi ke změně koncepce automobilů, brány továrny opustil zbrusu nový model Favorit, který ukončil éru vozů s motorem umístěným vzadu. Jeho karoserii navrhl italský designér Nuccio Bertone. Po pádu komunistického režimu v roce 1989 se pro Škodu hledal silný partner, v roce 1991 tak proběhla další významná fúze a Škoda se stala vedle VW, Audi a Seatu čtvrtou automobilkou koncernu Volkswagen.
Prvním společně vyvinutým vozem se stal model Felicia. V roce 1996 se slavila výroba miliontého vozu Škoda po spojení s VW a představil se model Octavia, dnes nejprodávanější vůz značky. Jen první generace (1996–2010) se prodalo přes 1,4 milionu kusů. Tehdy se ale Octavia teprve nadechovala, dodnes bylo v modelové řadě vyrobeno již 7,7 milionu vozů.
Škoda Octavia se vyrábí od 3. září 1996.
Podobným maratoncem je i Škoda Fabia. Ta se představila v roce 1999 jako nástupce modelu Felicia a jen 11 měsíců poté se na lince montoval kus s číslem 100 000. Milionu dosáhla v roce 2004 a letos, kdy je Fabia ve své již čtvrté generaci, sjel z linky celkově pětimiliontý vůz modelové řady.
V roce 2009 vstoupila Škoda s vozem Yeti do kategorie vozů SUV, o devět let později slavila v této kategorii první milion, v roce 2025 pak už SUV se značkou Škoda byly miliony čtyři. Rok 2012 přinesl další milník: 14 milionů vozů, z toho 9 milionů po spojení s VW. Na začátku roku 2025 již výroba čítala přes 27 milionů vozů.
Po předvoji v podobě modelu Citigoe iV vstoupila Škoda v roce 2020 s modelem Enyaq do současné éry moderních elektromobilů na platformě MEB. Modelu se v obou karosářských variantách (SUV a Coupé) vyrobilo již přes 340 000 kusů. Do portfolia elektromobilů letos vstoupil také nový model Elroq, který má na svém kontě již více než 100 000 kusů. V příštím roce se portfolio elektrických vozů rozroste o další dva modely.
Škoda Enyaq se vyrábí v hlavním výrobním závodě Škoda Auto v Mladé Boleslavi.