Po zakladatelích značky dostávají v Mladé Boleslavi jméno jen ty nejexkluzivnější vozy s prémiovou výbavou. Vozy Octavia a Octavia Combi s výbavou Laurin & Klement byly představeny na přelomu září a října 1998 na pařížském autosalonu, tedy tři roky po zahájení výroby. Našňořený vrchol nabídky se mohl pochlubit luxusním koženým čalouněním interiéru, dřevěnými dekory nebo 16palcovými koly se sedmi paprsky.
Z výbavy Laurin & Klement pak vycházela i jedna z nejvzácnějších podob modelu Octavia – varianta Long. Vůz měl rozvor delší o 80 mm, což si mimo jiné vyžádalo prodloužené brzdové trubky nebo zcela novou střechu. Octavia Long nebyla určená do autosalonů, ale do vládních služeb a vozila i pár podnikatelů. Celkově se vyrobilo jen 19 kusů, později ji nahradil první novodobý Superb.
Spojení s koncernem Volkswagen přineslo do Mladé Boleslavi nové technologické možnosti. Jednou z nich byl i pohon všech kol se spojkou Haldex, která v případě prokluzu předních kol elektronicky připojovala kola zadní nápravy. Jako první jej získal právě model Octavia, který se tak stal prvním osobním vozem Škoda v novodobé historii s pohonem všech kol.
Jednou z variant, které přebírají všechny generace, je sportovní RS. V první inkarnaci se mohla pochlubit pružným dvacetiventilovým motorem o objemu 1,8 litru s přeplňováním turbodmychadlem, který zajišťoval krásných 180 koní. Ke 100 letům značky pak vznikla limitovaná edice RS WRC Edition, která se pyšnila 17palcovými koly a bočními polepy s rallyovou tematikou. Vzniklo jen 100 kusů, z toho 37 s pravostranným řízením.